宇智波离生来便是查克拉绝缘体，无法成为忍者。然而，世间之事祸福相依。千年之前，天外之人大筒木一族入侵，星球上的本土实力惨败，查克拉渗透了整个世界。不得不隐藏在世界边缘的妖怪却发现了无法被查克拉侵染的他。宇智波离前往妖怪秘地，与世隔绝的“大江山”，得以知晓隐藏在历史中的真相，获得上古阴阳师的传承，接下守护星球的使命。然而，就在他学成归来之际，却发现木叶宇智波一族只剩佐助一人。驭妖鬼，掌黄泉，率众生，向入侵者大筒木一族发起反攻。